畜牧糞尿本質為高有機及含氮物質，現行畜牧業大都以固液分離、厭氧(兼氣)發酵及好氧處理之三段式處理廢水，常因好氧處理程序曝氣，所需電費高，為節省成本而未妥善處理即排放污染河川，且三段式處理設施無法妥善處理氨氮，排入河川消耗水中溶氧，使河川水體污染難以徹底改善。另一方面，對於畜牧業者來說，處理的申請程序過於繁複，難以促使業者積極配合，導致河川水體仍受其排放污染嚴重影響。

面對全球資源有限與環境永續的挑戰，臺灣正積極推動經濟轉型，致力於從傳統線性經濟模式（生產、使用、丟棄），邁向「循環型社會」。此一轉型核心在於「最大化資源循環、最小化廢棄產生」，同時將廢棄物視為新資源的經濟和社會模式，並以「抑制產生（Reduce）」、「重複使用（Reuse）」及「回收再利用（Recycle）」等三R原則為實踐基礎，逐步邁向涵蓋全生命週期的資源循環目標。 為有效落實三R原則，政府核定修正「減量回收及資源循環推動計畫」（112-116年），重點工作涵蓋推動能資源化及建立媒合管道，強化可再利用資源管理，使再利用產品適材適所；強化一次用產品減量及分類回收措施，推行循環採購，以及引導產業朝循環經濟發展，打造「綠色臺灣品牌」。期透過系統性規劃與資源整合，穩健邁向循環經濟轉型，共築永續社會。

面對未來碳稅、碳關稅挑戰，農業也不能置身事外，虎尾科技大學團隊開辦「永續農業調適工作坊」，吸引許多青農參加，有青農說，透過碳盤查課程讓他們重新檢視日常的農事管理，並開始思考如何兼顧產量與永續。