台灣蛋雞場每日產出大量雞糞，如何將這些廢棄物轉化為有價值的資源是畜牧業面臨的重要課題。根據現有研究與實踐案例，雞糞可通過多種方式實現資源化利用，主要包括製作有機肥料、生物能源轉換及生物處理等。其中，沼氣發電技術已在台灣實現商業化應用，每日數十噸雞糞可轉化為數千度電力；而黑水虻處理及新型專利技術也展現良好發展前景，可有效提升雞糞處理效率與經濟價值。然而，這些技術在實施過程中仍面臨環境顧慮、社區接受度與技術限制等多方面挑戰。

未經充分醱酵、也未達腐熟狀態的雞糞，被稱為生雞糞，國內蔬菜水果等作物仰賴生雞糞作為基肥，但長年施用生雞糞會造成土壤劣化、所夾帶的蟲卵及病原菌也會造成衛生問題。現行《農業事業廢棄物再利用管理辦法》明訂，生雞糞不得直接進入農地，但因生雞糞的肥效快、蔬果肥料需求大，所以仍有廣大市場。

美國能源部的橡樹嶺國家實驗室（ORNL）研究人員結合人工智慧（AI）與分子動力學模擬，開發出一種新工具，能更準確地預測植物與有益微生物之間的溝通及合作關係。