2025年12月3日，監察院通過對農業部的糾正案，要求檢討長期來未能解決農業金庫經營困境；核派農業部高層主管擔任農業金庫董事，衍生球員兼裁判重大疑慮；以及因投資評價損失而懲處農業金庫相關主管人員。 2022-2023年美元鷹式升息，農業金庫帳上出現外幣債券投資累積巨額「評價損失」，立法委員等提出強烈質疑，經由媒體報導，成為社會關注焦點；實際上，問題不是個人，而是制度缺失和專業退位、進而在政治壓力下尋找代罪羔羊。

早期的台灣，農會是一個真正屬於農民的組織。從日治時期延續至戰後初期，農會以類似「日本的農業協同組合（下稱：日本農協）」制運作，靠著農民出資繳納股金成為會員，這些會員對農會的運作有責任，除了權利、義務，也能分享盈餘，這讓農會不只是行政服務單位，更是農民的事業夥伴。

現行「農業科技研究院（下稱：農科院）」由農委會（現農業部）在2014年捐助成立，其財團法人農科院的業務與原有試驗改良場所出現重疊，導致研究項目與預算資源競合，不利於有限資源的有效運用。建議另成立「農研院」（National Agricultural Science and Technology Research Institute , NASTRI），由農業部主管、將現有16個農業試驗改良場所與香蕉研究所及農科院歸入農研院，其中區農業改良場整合成為4個﹝北中南東區﹞，同時增設「農業經濟政策研究中心」強化產業與政策之連結。農研院研發人員為聘任，無需具備公務員資格，較易羅致高級研發人才。